SPIM workflow manager for HPC
| dc.contributor.author | Kožusznik, Jan | |
| dc.contributor.author | Bainar, Petr | |
| dc.contributor.author | Klímová, Jana | |
| dc.contributor.author | Krumnikl, Michal | |
| dc.contributor.author | Moravec, Pavel | |
| dc.contributor.author | Svatoň, Václav | |
| dc.contributor.author | Tomančák, Pavel | |
| dc.date.accessioned | 2019-12-20T08:47:10Z | |
| dc.date.available | 2019-12-20T08:47:10Z | |
| dc.date.issued | 2019 | |
| dc.identifier.citation | Bioinformatics. 2019, vol. 35, issue 19, p. 3875-3876. | cs |
| dc.identifier.issn | 1367-4803 | |
| dc.identifier.issn | 1460-2059 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10084/139055 | |
| dc.description.abstract | Summary: Here we introduce a Fiji plugin utilizing the HPC-as-a-Service concept, significantly mitigating the challenges life scientists face when delegating complex data-intensive processing workflows to HPC clusters. We demonstrate on a common Selective Plane Illumination Microscopy image processing task that execution of a Fiji workflow on a remote supercomputer leads to improved turnaround time despite the data transfer overhead. The plugin allows the end users to conveniently transfer image data to remote HPC resources, manage pipeline jobs and visualize processed results directly from the Fiji graphical user interface. | cs |
| dc.language.iso | en | cs |
| dc.publisher | Oxford University Press | cs |
| dc.relation.ispartofseries | Bioinformatics | cs |
| dc.relation.uri | https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz140 | cs |
| dc.rights | © The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted reuse, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. | cs |
| dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ | cs |
| dc.title | SPIM workflow manager for HPC | cs |
| dc.type | article | cs |
| dc.identifier.doi | 10.1093/bioinformatics/btz140 | |
| dc.rights.access | openAccess | cs |
| dc.type.version | publishedVersion | cs |
| dc.type.status | Peer-reviewed | cs |
| dc.description.source | Web of Science | cs |
| dc.description.volume | 35 | cs |
| dc.description.issue | 19 | cs |
| dc.description.lastpage | 3876 | cs |
| dc.description.firstpage | 3875 | cs |
| dc.identifier.wos | 000499322300056 |
Soubory tohoto záznamu
Tento záznam se objevuje v následujících kolekcích
-
Publikační činnost VŠB-TUO ve Web of Science / Publications of VŠB-TUO in Web of Science [7798]
Kolekce obsahuje bibliografické záznamy článků akademických pracovníků VŠB-TUO publikovaných v časopisech indexovaných ve Web of Science od roku 1990 po současnost. -
Publikační činnost Katedry informatiky / Publications of Department of Computer Science (460) [562]
Kolekce obsahuje bibliografické záznamy publikační činnosti (článků) akademických pracovníků Katedry informatiky (460) v časopisech a v Lecture Notes in Computer Science registrovaných ve Web of Science od roku 2003 po současnost. -
Publikační činnost IT4Innovations / Publications of IT4Innovations (9600) [841]
-
OpenAIRE [5085]
Kolekce určená pro sklízení infrastrukturou OpenAIRE; obsahuje otevřeně přístupné publikace, případně další publikace, které jsou výsledkem projektů rámcových programů Evropské komise (7. RP, H2020, Horizon Europe). -
Články z časopisů s impakt faktorem / Articles from Impact Factor Journals [6377]
Články z časopisů (od roku 2008), které v době vydání článku měly impakt faktor.
Kromě případů, kde je uvedeno jinak, licence tohoto záznamu je © The Author(s) 2019. Published by Oxford University Press. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License, which permits unrestricted reuse, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.