Webová aplikácia pre podporu analýzy biomedicínskych dát

Abstract

Cílem této práce je vytvořit webovou aplikaci, která má sloužit ke spouštění skriptů pro analýzu biomedicínských dat na výpočetním serveru. První část práce je proto věnována průzkumu technologií, které by mohly být použity při vývoji aplikace, především zmapování nástrojů pro spouštění, správu procesů a přidělování zdrojů procesům v prostředí HPC. Speciální pozornost je věnována Son of Grid Engine, principům jeho fungování, omezením a rozhraním umožňujícím komunikaci s ním. Kromě toho je také věnována knihovnám, které umožňují generovat formuláře z objektu typu JSON, a průzkumu jimi poskytovaných funkci. Druhá část práce se zabývá návrhem a implementací výsledné aplikace. V rámci ní jsou rozebírány i návrh a implementace knihovny, umožňující generování formulářů z objektu JSON, která je vytvořena přímo na míru dle požadavků výsledné webové aplikace. Poslední část práce se věnuje testování výsledné aplikace.

The object of this diploma thesis is to create a web application that should be used to run scripts for the analysis of biomedical data on a computing server. The first part of the thesis is therefore devoted to the research of technologies that could be used in the development of the resulting application, especially the mapping of tools for process and resource management in HPC environment (job schedulers). Special attention is paid to the Son of Grid Engine, the principles of its operation, limitations and interfaces enabling communication with it. In addition, it is also dedicated to libraries that allow you to generate forms from a JSON object and explore the functions they provide. The second part deals with the design and implementation of the resulting application. It also discusses the design and implementation of a library that allows the generation of forms from the JSON object, which was created directly according to the requirements of the resulting web application. The last part of the thesis is devoted to testing the final application.