Podpora paralelizace pro makro jazyk ImageJ

Abstract

Fiji je open-source platforma založená na ImageJ, která se zabývá zpracováním obrazu pro vědecké disciplíny. Ve Fiji chybí podpora paralelizace, a proto je cílem práce návrh a implementace pluginu, který paralelně zpracovává konvoluční funkci na superpočítači s využitím OpenMPI. Konvoluční funkce se skládá z aplikace filtru na vstupní obrázek a vrácení výstupního obrázku. Proces implementace je v práci popsán a demonstrován. Navržený plugin lze využít i v rámci makro jazyka ImageJ. Na závěr je implementace testována na superpočítači s různými vstupními parametry.

Fiji is an open-source platfrom based on ImageJ software that focuses on scientific image processing. Fiji lacks paralelization support and therefore the goal of this thesis is to develop and implement plugin that uses parallelization to apply convolution algorithm on image by using OpenMPI. Convolution consists of applying convolution filter on image and returns processed image. Detailed process of implementation is described and showcased. The plugin can be also used in ImageJ macro language. The implementation is then tested on supercomputer with variable input parameters.