Formát SAM - reprezentace a mapování sekvencí DNA

Show simple item record
dc.contributor.advisorVašinek, Michal
dc.contributor.authorKubala, Martin
dc.contributor.refereeBěhálek, Marek
dc.date.accepted2019-05-28
dc.date.accessioned2019-09-26T07:34:52Z
dc.date.available2019-09-26T07:34:52Z
dc.date.issued2019
dc.description.abstractCílem této bakalářské práce je implementace programu převádějícího již namapované sekvence DNA do formátu SAM. Na vstupu programu budou sekvence DNA s již přiřazenými souřadnicemi. Tyto sekvence budou zarovnány algoritmem Needleman-Wunsch a ke každé z těchto sekvencí budou doplněny povinné atributy definované ve specifikaci formátu Sam. Především CIGAR řetězec a následně kvalita mapování.cs
dc.description.abstractThe aim of this thesis is to implement a program that converts already mapped DNA sequences into SAM format. At the input of the program there will be DNA sequences with already assigned coordinates. These sequences will be aligned by Needleman-Wunsch algorithm and the mandatory attributes defined in the SAM format specification will be added to each of these sequences. Especially CIGAR string and consequently mapping quality.en
dc.description.department460 - Katedra informatikycs
dc.description.resultdobřecs
dc.format.extent2754529 bytes
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.otherOSD002
dc.identifier.senderS2724
dc.identifier.thesisKUB827_FEI_B2647_2612R025_2019
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/10084/138717
dc.language.isocs
dc.publisherVysoká škola báňská - Technická univerzita Ostravacs
dc.rights.accessopenAccess
dc.subjectSAMcs
dc.subjectCIGARcs
dc.subjectreadcs
dc.subjectalignmentcs
dc.subjectbázecs
dc.subjectkvalitacs
dc.subjectSAMen
dc.subjectCIGARen
dc.subjectreaden
dc.subjectalignmenten
dc.subjectbaseen
dc.subjectqualityen
dc.thesis.degree-branchInformatika a výpočetní technikacs
dc.thesis.degree-grantorVysoká škola báňská - Technická univerzita Ostrava. Fakulta elektrotechniky a informatikycs
dc.thesis.degree-levelBakalářský studijní programcs
dc.thesis.degree-nameBc.
dc.thesis.degree-programInformační a komunikační technologiecs
dc.titleFormát SAM - reprezentace a mapování sekvencí DNAcs
dc.title.alternativeSAM Format - Representation and Mapping of DNA Sequencesen
dc.typeBakalářská prácecs

Files

Original bundle

Now showing 1 - 4 out of 4 results
Thumbnail Image
Name:
KUB827_FEI_B2647_2612R025_2019.pdf
Size:
2.63 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Text práce
Download
Thumbnail Image
Name:
KUB827_FEI_B2647_2612R025_2019_priloha.zip
Size:
45.47 KB
Format:
Unknown data format
Description:
Příloha
Download
Thumbnail Image
Name:
KUB827_FEI_B2647_2612R025_2019_posudek_vedouci_Vasinek_Michal.pdf
Size:
48.69 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek vedoucího – Vašinek, Michal
Download
Thumbnail Image
Name:
KUB827_FEI_B2647_2612R025_2019_posudek_oponent_Behalek_Marek.pdf
Size:
55.63 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek oponenta – Běhálek, Marek
Download

Collections

Vysokoškolské kvalifikační práce Fakulty elektrotechniky a informatiky / Theses and dissertations of Faculty of Electrical Engineering and Computer Science (FEI)