Podobnost proteinů

Abstract

Tato práce se zabývá analýzami metod porovnávání proteinových sekvencí. Jejím cílem je shrnout dosavadní poznatky této disciplíny a nalézt optimální nastavení zadané metody sekvenční analýzy. První část práce se zabývá proteiny z pohledu biochemie, následuje shrnutí metod, používaných pro analýzu proteinových sekvencí a struktur. Třetí část obsahuje přehled databází zaměřených na uchovávání biologických dat, porovnávání proteinů, atd.

Poslední část se zabývá návrhem metody pro srovnávání proteinových sekvencí (způsobem normalizace dat, vlastním srovnáním, atd.), analýzou jejich výsledků a optimalizací jejího nastavení.

Th thesis concentrates on analysis of protein sequence alignment methods. Its goals is summarisation of current knowledge of the subject and finding of optimal settings of assigned sequence analysis method. The first part concerns about biochemical view on proteins. The following part summarise methods for protein sequences and structures analysis. The third part consists of databases list which are used for storing of biological data, protein analysis, etc.

The last part target is design of proteinsequence alignment method (the way how input data are normalized, the alignment method itself, etc.), analysis of its outputs and its settings optimization.